يعتبر قسم الجهاز الهضمي من أهم الأقسام في المستشفي، ويتابع في العيادة الخارجية بقسم الجهاز الهضمي العديد من الحالات المستعصية وقد تم بنجاح تشخيص بعض الحالات وعلاجها.

-  تم عمل خزعة من الكبد (liver biopsy) لحوالي 15 طفلاً، علما بأن هذه التقنية جديدة ولم يتم تطبيقها من قبل في عملية التشخيص.

-  ويتبع الجهاز الهضمي قسم المناظير ويعتبر هذا القسم الوحيد في قطاع غزة الذي يتعامل مع الأطفال دون سن الثانية عشر وقد تم عمل 88 منظار (علاجي – تشخيصي).

-  ويعمل بالقسم استشاري واثنان من الأخصائيين وكذلك نائب واحد.