تعتبر مستشفي الباطنة جزءا من مجمع الشفاء الطبي ، تم تجديدها عدة مرات و في مخططات وزارة الصحة سيتم إنشاء مبني حديث يواكب التقدم العلمي ، و ازدياد عدد السكان. تتكون المستشفي من ثلاثة أقسام باطنه عامة و رئيسية بالإضافة للأقسام التخصصية :

• قسم باطنه عامة ( 1) وله اهتمامات خاصة بمرضي السكري و الغدد الصماء

•قسم باطنه عامة (2)وله اهتمامات خاصة بمرضي الجهاز الهضمي والروماتزم

•قسم باطنه عامة (3) و له اهتمامات خاصة بأمراض الكلي

•و قد تم حديثا فصل أمراض الكلي كقسم منفصل ليعني بأمراض الكلي المزمنة و يشمل وحدة الغسيل الكلوي ( الديلزة )

أقسام المستشفى التخصصية:

• قسم القلب ووحدة الرعاية القلبية ( العناية المكثفة )
• قسم الأمراض الصدرية
• قسم أمراض الدم والأورام
• قسم الأمراض العصبية ( الأعصاب )
• قسم الأمراض النفسية
• قسم الأمراض الجلدية
• وحدة المناظير ( التنظير )
• وحدة تخطيط الأعصاب
• قسم العلاج الطبيعي و التأهيل